L'Alfacada representa una importante área ecológica en el Delta, ya que acoge una gran biodiversidad en una superficie relativamente reducida, y es uno de los lugares donde hay más presencia nidificadora de aves - avetorillo común, zampullín común, ánade real, pato colorado, zancudo, chlidonia...- Se debe en conjunto a la existencia de diferentes tipos de hábitat, por el índice de salinidad existente y el grado de inundación: marismas dulces, salobres, salinos e hipersalinos.